Nato nel 1596 dal matrimonio di Girolamo Amati con la sua seconda moglie Laura Medici Lazzarini, Nicolò è senz'altro da annoverarsi fra i liutai il cui ruolo storico fu maggiormente significativo.
Nicolò Amati sopravvisse alla pestilenza del 1630 in cui trovarono la morte, oltre al padre Girolamo, anche Giovanni Paolo Maggini, il più importane liutaio bresciano coevo la cui scomparsa determinò un temporaneo vuoto nella principale tradizione concorrente a quella cremonese. Oltre a questo Nicolò ebbe un ruolo fondamentale nella formazione della successiva generazione di liutai, cremonesi e non solo: dal suo principale assistente Andrea Guarneri a Giacomo Gennaro, da Giovanni Battista Rogeri, che poi si trasferì proprio a Brescia, a Bartolomeo Cristofori che si portò a Firenze, da Bartolomeo Pasta (che andò a Milano) fino ad alcuni apprendisti provenienti dai Paesi di lingua germanica. Oltre a questi, Nicolò Amati ebbe una forte influenza anche sui membri della famiglia Rugeri, Jacobus Stainer e Antonio Stradivari, sia per l'assoluta eccellenza qualitativa del suo lavoro che per l'aver sviluppato un nuovo modello di proporzioni più generose noto come Grand Pattern che diventerà la base per molti futuri sviluppi.
La sua bottega acquistò ben presto una fama europea e influenzò stabilmente con i suoi modelli e lo stile di inarrivabile eleganza molti liutai successivi fino ai giorni nostri.