Nato a Cremona negli anni immediatamente successivi al 1550, Girolamo è stato il più giovane fra i due figli di Andrea Amati che avrebbero proseguito l'attività paterna. Suo fratello maggiore, Antonio, era nato infatti nel 1540 circa e avrebbe iniziato assieme a Girolamo ad assistere il padre in quello che all'epoca era ancora l'unico laboratorio cremonese che si occupasse della costruzione di violini, viole e violoncelli. Dopo la morte di Andrea nel 1577, i due fratelli collaborano per una decina d'anni, fino a che, nel 1588, una disputa derivante da questioni economiche non ne causò la separazione. Per il successivo periodo, Antonio e Girolamo adottarono quindi un'etichetta individuale che non riportava congiuntamente i nomi dei due fratelli, fino a che, nel 1607, il fratello maggiore non morì improvvisamente e Girolamo decise di tornare all'antica dicitura.
La viola custodita alla Galleria Estense di Modena, uno dei primi contralti di proporzione moderne mai realizzati, è databile intorno al 1625, e va pertanto considerata opera esclusiva di Girolamo. Lo strumento è realizzato sullo stesso modello della famosa viola "Stauffer" del 1615 ed è giunto fino a noi in condizioni di eccezionale purezza, inclusa la presenza, molto rara su strumenti così antichi, del manico originale. L'opportunità di compiere approfonditi studi su questa viola ha portato alla pubblicazione del primo volume dei "Treasures of Italian Violin Making" (2014). Nel periodo in questione, già da qualche anno Girolamo era coadiuvato in bottega dal figlio Nicolò, nato nel 1596 dalle seconde nozze del padre, che purtroppo non sopravvisse alla tragica pestilenza del 1630.
