Nato nel 1666 dal capostipite della famiglia Andrea Guarneri, e fratello minore di Pietro (che si trasferì poi a Mantova), Giuseppe costituì un anello di passaggio fra la forte tradizione Amati ancora presente nel padre e l'originalità di Guarneri del Gesù.
Durante la sua carriera il suo stile, prendendo le mosse dalla tradizione famigliare, venne poi fortemente influenzato dal suo principale concorrente, Antonio Stradivari. Il modello di cassa armonica subì quindi un allungamento della parte centrale, che assunse anche una forma più tesa e meno arrotondata; lo stesso tipo di evoluzione si riscontra nel modello dei fori armonici. Dovuta all'influenza di Stradivari probabilmente anche la tonalità della vernice, di un color rosso più vivace di quanto non fosse tipico in precedenza per gli altri membri della famiglia Guarneri.
Simile invece al padre Andrea il modello della testa, anche se in Giuseppe la lavorazione e la finitura furono generalmente meno accurate, e rimangono spesso visibili segni di lavorazione, particolarmente appunto nella chiocciola. Il suo lavoro è molto apprezzato anche nei violoncelli; dopo il 1730 Giuseppe si ritirò ma continuò a scolpire le teste per gli strumenti del figlio.
